Quando ingressou na Faculdade Nacional de Medicina, no Rio de Janeiro, José Reis caminhava na direção de um sonho de sua mãe: vê-lo atuar na clínica. Porém, ao longo do curso, decepcionou-se com o ensino que lhe era ofertado e buscou complementar sua formação no Instituto Oswaldo Cruz (IOC). Lá, em contato com cientistas de destaque como Carlos Chagas, apaixonou-se pela pesquisa científica e desistiu definitivamente de atuar como médico.
Pouco tempo depois, mudou-se para São Paulo após conseguir uma vaga de pesquisador no Instituto Biológico, onde trabalhou com Artur Neiva e Rocha Lima. Seu primeiro objeto de pesquisa foram as mastites bovinas. Mais tarde, dedicou-se ao estudo das doenças de aves, durante o qual estava em permanente contato com criadores desses animais. Segundo o cientista, a formação que recebeu no IOC, em temas como bacteriologia, virologia, entomologia, helmintologia e outros, foi fundamental para que ele conseguisse ter uma visão mais ampla dos temas que estudava.
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